Hơn 90 năm kể từ khi mở cửa, kênh đào này vẫn tiếp tục thu được thành công lớn.Mặc dù hàng hải thế giới và kích thước của tàu thuyền cũng như chính chúng đã thay đổi vượt qua khả năng tiếp nhận kể từ khi kênh đào này được thiết kế, nhưng nó vẫn tiếp tục là đầu mối liên kết thiết yếu trong thương mại thế giới, chở nhiều hàng hóa hơn trước đây với chi phí giảm xuống. Tuy nhiên, kênh đào này cũng đối mặt với một số vấn đề tiềm tàng.

Hiệu quả và bảo trì

Có một số e ngại rằng hiệu quả và sự bảo trì có thể trở nên tồi tệ hơn sau khi người Mỹ rút đi; tuy nhiên, điều đó đã không xảy ra, và hiệu quả của kênh đào dường như được cải thiện hơn dưới sự quản lý của Panama[18]. Canal Waters Time (CWT), là thời gian trung bình để tàu bè đi qua kênh đào, bao gồm cả thời gian chờ đợi, là một chỉ số quan trọng trong tính hiệu quả; mà theo như ACP thì CWT đang giảm xuống. Cùng lúc đó, tỷ lệ các tai nạn cũng ở mức thấp[19].

Lượng hàng hóa nhập khẩu từ châu Á đang gia tăng mà trước đây được bốc xếp tại các cảng ven biển phía tây Hoa Kỳ thì ngày nay được chuyên chở thông qua kênh đào để về phía bờ biển phía đông[20]. Tổng lượng tàu quá cảnh trong năm tài chính 1999 là 14.336; giảm xuống 13.154 vào năm 2003, một phần là do các yếu tố kinh tế toàn cầu, nhưng đã tăng lên 14.194 năm 2006 (năm tài chính của kênh đào từ tháng 10 năm trước tới tháng 9 năm sau). Tuy nhiên, nó được kết hợp với sự gia tăng vững chắc trong kích thước trung bình của tàu và trong số lượng các tàu Panamax quá cảnh, vì thế tổng trọng tải qua kênh đào đã tăng đều từ 227,9 triệu tấn PC/UMS trong năm tài chính 1999 tới 296,0 triệu tấn vào năm 2006[21],[3]. Dù chịu ảnh hưởng tiêu cực của kích thước tàu đối với tần suất quá cảnh (ví dụ, các tàu lớn không có khả năng đi qua đường xẻ Gaillard), nhưng nó vẫn cho thấy một sự gia tăng tổng thể đáng kể trong sức chuyên chở của kênh đào, mặc dù tổng số quá cảnh giảm xuống. Kênh đào này đạt kỷ lục lưu thông vào ngày 13 tháng 3 năm 2006, khi có 1.070.023 tấn PC/UMS quá cảnh trong ngày[22], vượt qua kỷ lục cũ 1.005.551 tấn PC/UMS lập vào ngày 16 tháng 3 năm 2004.[23].

Cục quản lý kênh đào đã đầu tư khoảng 1 tỷ USD để mở rộng và hiện đại hóa kênh đào, với mục tiêu tăng khả năng chuyên chở lên 20 %[24]. Cục quản lý kênh đào cũng đề cập tới một loạt các hoàn thiện chủ yếu, bao gồm mở rộng và uốn thẳng đường xẻ Gaillard để giảm các hạn chế đối với tàu thuyền đi ngang qua, nạo vét kênh dẫn lái tại hồ Gatún để làm giảm các hạn chế do bùn lắng và cải thiện việc cấp nước, cũng như việc nạo vét các lối vào kênh đào từ Đại Tây Dương và Thái Bình Dương. Các công việc này được hỗ trợ bằng các tàu thuyền mới, như xà lan khoan mới hay các tàu nạo vét kiểu hút và sự gia tăng của đội tàu kéo lên 20%. Ngoài ra, các hoàn thiện cũng được thực hiện đối với máy móc vận hành kênh đào, bao gồm sự gia tăng và hoàn thiện của đội tàu hỏa kéo, thay thế trên 16 km đường ray của đoàn tàu hỏa kéo, cũng như các máy móc thiết bị kiểm soát âu thuyền mới. Các hoàn thiện cũng được thực hiện đối với hệ thống kiểm soát lưu thông để cho phép kiểm soát hiệu quả hơn đối với tàu thuyền trong kênh đào[25].

Việc rút đi của người Mỹ đã cho phép Panama bán lượng điện dư thừa được sản xuất từ các đập nước của kênh đào, điều mà trước đây chính quyền Hoa Kỳ ngăn cấm. Chỉ 25% lượng điện do các nhà máy thủy điện trong hệ thống kênh đào sản sinh ra đã đủ để vận hành kênh đào này.

Sức chuyên chở

Kênh đào hiện nay có thể chấp nhận giao thông tàu thuyền nhiều hơn so với khả năng mà những người xây dựng ra nó có thể mường tượng. Năm 1934, người ta ước tính rằng khả năng chuyên chở tối đa của nó là khoảng 80 triệu tấn một năm;[26] mà như đã biết, lưu thông của kênh đào này năm 2005 là khoảng 278,8 triệu tấn hàng hải.

Dù cho các lợi ích được thực hiện là có hiệu quả, nhưng kênh đào này sẽ nhanh chóng đạt tới khả năng cực đại của nó. Một phức tạp bổ sung là tỷ lệ các quá cảnh tàu bè lớn (gần với kích thước Panamax) đang gia tăng vững chắc; điều này có thể tiếp tục làm giảm số lượng quá cảnh, thậm chí nếu như trọng tải hàng hóa vẫn tăng. Trong bất kỳ trường hợp nào, nếu kênh đào còn tiếp tục phục vụ cho nhu cầu hàng hải thế giới thì cần phải làm tăng khả năng chuyên chở của nó.

Cạnh tranh

Mặc dù có được ví trí đặc quyền đặc lợi trong nhiều năm, nhưng kênh đào vẫn đang phải đối mặt với sự cạnh tranh đang gia tăng từ các nguồn khác. Mặc dù không rõ ràng, nhưng các suy đoán vẫn tiếp diễn về khả năng xây dựng kênh đào mới qua Mexico, Colombia hay Nicaragua có khả năng chấp nhận các tàu thuyền hậu Panamax, cũng như hai đề xuất tư nhân về việc xây dựng đường sắt nối các cảng ở hai bờ[cần dẫn nguồn].

Các nhà phê bình cũng lên tiếng về sự e ngại của họ liên quan tới kế hoạch tăng mức lệ phí qua kênh đào, cho rằng kênh đào Suez có thể trở thành sự thay thế chấp nhận được cho hàng hóa có hành trình từ châu Á tới bờ biển phía đông Hoa Kỳ. Tuy nhiên, nhu cầu về kênh đào Panama vẫn tiếp tục tăng lên.

Tốc độ tan chảy của băng tại Bắc Băng Dương đang gia tăng cũng dẫn tới suy đoán rằng Hành lang Tây Bắc có thể trở thành chấp nhận được cho vận tải thương mại ở một thời điểm nào đó trong tương lai. Hành trình này có thể tiết kiệm 9.300 km (5.800 dặm) trên lộ trình từ châu Á tới châu Âu khi so sánh với việc đi qua kênh đào Panama, có thể dẫn tới sự suy giảm một số lưu thông theo hành trình này. Tuy nhiên, hành trình như thế vẫn còn nhiều vấn đề đáng kể do băng, cũng như các vấn đề về lãnh thổ vẫn chưa giải quyết xong[27],[28].

Các vấn đề về nước

Một vấn đề đáng kể là sự suy giảm lượng nước trung bình của hồ Gatún, chủ yếu là do chặt phá rừng. 52 triệu galông nước ngọt từ hồ bị chảy ra biển qua các âu thuyền mỗi khi có tàu thuyền quá cảnh qua kênh đào;[17] và mặc dù tại đây có đủ lượng mưa hàng năm để bù đắp lại lượng nước mà kênh đào sử dụng trong năm, nhưng bản chất theo mùa của mưa có nghĩa là nước cần phải được tích trữ từ mùa mưa này cho tới mùa mưa sau. Mặc dù hồ Gatún có thể tích trữ một số trong lượng nước mưa này, nhưng các cánh rừng mưa đóng vai trò quan trọng trong việc hấp thụ lượng nước mưa này để sau đó giải phóng dần chúng với một tốc độ vừa phải vào hồ. Với việc suy giảm thảm thực vật, nước mưa nhanh chóng chảy qua các sườn núi không còn rừng vào hồ, mà từ đó lượng nước dư thừa phải tháo ra biển. Điều này dẫn tới sự sụt giảm lượng nước trong mùa khô, khi có tương đối ít nước chảy vào hồ. Việc chặt phá rừng cũng làm cho phù sa dễ bị xói mòn từ khu vực quanh hồ Gatún và lắng đọng dưới đáy hồ, làm giảm dung tích của nó.